Deutschland unterstützt seit 1999 den Aufbau des neuen Staats Timor-Leste. In den ersten Monaten nach Abzug des indonesischen Militärs förderte das Auswärtige Amt humanitäre Kleinstmaßnahmen in Flüchtlingslagern in Westtimor (Indonesien) sowie die Einwohnerregistrierung und die Ausgabe von Personalausweisen in Timor-Leste.

Im Auftrag des Bundesministeriums für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung (BMZ) arbeitet die GTZ seit 2000 im Land. In der Anfangsphase konzentrierte sich die Entwicklungszusammenarbeit auf den Wiederaufbau der Trinkwasserversorgung in Baucau und Viqueque. Ferner wurden Projekte der Friedensförderung, Nahrungsmittel-, Not- und Flüchtlingshilfe unterstützt. Zwischen 1999 und 2002 stellte die Bunderregierung insgesamt 17,4 Millionen Euro zur Verfügung. Seit Juni 2002 werden rund 8,3 Millionen Euro für den Aufbau des maritimen Transportsektors und der Fährverbindung zwischen Oecussi und Dili sowie der Insel Atauro bereitgestellt.

Die Anstrengungen, die unternommen werden müssen, um Timor-Leste als eigenständigen Staat aufzubauen, sind enorm. 1999 waren zwei Drittel der Infrastruktur zerstört. Die Wachstumsraten der Jahre 2000/2001 konnten die Wirtschaftsleistung zunächst auf das Vorkrisenniveau zurückbringen. Seit dem allmählichen Rückzug der internationalen Organisationen und der Verringerung der Aufbauhilfen ist jedoch ein deutlicher Rückgang zu verzeichnen.

Im Juni 2003 wurde mit der timoresischen Regierung der maritime Transportsektor als neuer Schwerpunkt der Entwicklungszusammenarbeit vereinbart. Ergänzt wird die Arbeit durch Vorhaben der Technischen Zusammenarbeit in der Trinkwasserversorgung und Ernährungssicherung im ländlichen Raum sowie durch Agrarpolitikberatung und Konfliktmanagement.
Zur Förderung der kleinen und mittleren Unternehmen etabliert die GTZ im Auftrag der Weltbank vier regionale „Business Development Centers“ in Timor-Leste.

Die in Timor-Leste laufenden Projekte der Technischen Zusammenarbeit werden vom GTZ-Büro Indonesien betreut.