In Abstimmung mit der indonesischen Regierung und anderen Gebern konzentriert sich die Entwicklungszusammenarbeit derzeit auf drei Schwerpunkte.

Klimawandel
Deutschland unterstützt Indonesien bei der Umsetzung seines nationalen Klimaaktionsplans. Die deutsche Entwicklungszusammenarbeit (EZ) fördert besonders Programme und Projekte wie „Umwelt- und Klimaschutz“, „Emissionsminderungen im städtischen Verkehr“, sowie „Wald und Klimaschutz“. „Wald und Klimaschutz“ knüpft an die langjährige Erfahrung der deutschen EZ in der indonesischen Waldwirtschaft an. Gefördert werden die Umsetzung der Forstverwaltungsreform, die Vorbereitung auf ein zukünftiges Post-Kyoto-Protokoll und die Etablierung neuer Naturschutzkonzepte durch Anreizsysteme für die Emissionsreduktion aus dem Waldsektor (Reduced Emission from Deforestation and Degradation – REDD).
Durch „Umwelt und Klimaschutz" sowie „Emissionsminderungen im städtischen Verkehr" wird die indonesische Regierung bei der der Umsetzung einer langfristigen Strategie zur kohlenstoffarmen Entwicklung unterstützt. Die Ausbildung von Führungskräften zur Entwicklung globaler und nachhaltiger Lösungsansätze wird darüber hinaus gefördert.

Privatsektorentwicklung
Im Sinne der Millenniumsentwicklungsziele fördert die deutsche EZ ein sozial ausgewogenes Wirtschaftswachstum. Möglichst vielen Menschen soll damit eine aktive Teilnahme am Wirtschaftsleben ermöglicht werden. Grundvoraussetzung hierfür ist ein wettbewerbsfähiger Privatsektor und der Zugang breiter Bevölkerungsschichten zu mehr Bildung. Ein ausreichendes Angebot gut ausgebildeter Arbeitskräfte ist ein wichtiger Faktor für die Wettbewerbsfähigkeit von Unternehmen. Der deutsche Beitrag in Indonesien konzentriert sich auf die Privatwirtschaftsförderung sowie die berufliche Bildung und den Arbeitsmarkt. Die Entwicklung kleiner und mittelständischer Unternehmen steht dabei im Vordergrund.

Gute Regierungsführung / Dezentralisierung
Dezentralisierung und Demokratisierung sind Schlüsselbegriffe; alte autoritäre Strukturen werden allmählich zugunsten partizipativer Prozesse aufgebrochen. Die deutsche EZ hat die indonesische Regierung bei der Dezentralisierung und der Schaffung eines gesetzlichen Rahmens entscheidend unterstützt sowie Kompetenzen und Potenziale lokaler Verwaltungsmitarbeiter gestärkt (Capacity Development). Öffentliche Dienstleistungen sollen so verbessert werden.